东南亚研究所现有编制25人，在编人员19人。其中研究员4名，副研究员4名，中级职称研究人员8名；初级研究人员2名；资料室管员1名；办公室人员1名。

       东南亚研究所现任所长王士录研究员，副所长孔建勋副研究员、梁川副研究员，所务管理科科长张党琼。
       东南亚研究所学术委员会由7名委员组成，由王士录研究员任主任委员，陈铁军研究员任副主任委员。
       东南亚研究所曾经设有东南亚政治经济研究室、泰国研究室、缅甸研究室、越南柬埔寨老挝研究室、跨国界民族研究室、编辑室、图书资料室、办公室等科室。
        东南亚研究所资料室现有图书约2万余册，其中外文图书1.5万余册；订有中文报刊约50种；另外订有境外报刊约40种由院图书馆管理。
        东南亚研究所原来办有公开刊物《东南亚》（季刊），于2009年起改为《东南亚南亚研究》。目前本所还办有内部刊物《亚洲探索》和《邻国动态》，及时提供热点问题分析意见，受到有关部门的好评。
        东南亚研究所的一大优势是每个科研人员都有自己的传统学科方向并定有一个研究的对象国，以国别研究为基础，向纵深化、综合领域拓展，大体情况如下：
       王士录研究员主要从事东南亚的国际关系和区域合作（主要是东盟），以及越南和柬埔寨研究；
       陈铁军研究员主要从事中国（云南）与东南亚的经贸关系研究；
      朱振明研究员主要从事东南亚的国际关系和泰国研究；
      王国平研究员主要从事东南亚政治和越南研究；
      李瑞霞研究员主要从事东南亚经济和泰国研究；
      孔建勋副研究员主要从事东南亚民族文化和泰国研究；
      梁川副研究员主要从事东南亚经济与环保等问题研究；
      方芸副研究员主要从事东南亚民族文化和老挝研究；
      齐欢副研究员主要从事GMS经济合作和越南研究；
      和劲松助理研究员主要从事GMS区域的移民问题和缅甸研究；
      雷著宁助理研究员主要从事东南亚区域经济和缅甸研究；
      马腾飞助理研究员主要从事东南亚经济和新加坡研究；
      王育谦助理研究员主要从事东南亚经济和泰国研究；
      孔志坚助理研究员主要从事东南亚经济问题和缅甸研究；
      余海秋助理研究员主要从事中国（云南）与东南亚的经济合作和泰国研究；
      张党琼研究实习员主要从事缅甸政治研究；
     熊丽英研究实习员主要从事缅甸民族与文化研究。