目前，东南亚研究所各类在研课题达到27项（不包括横向合作课题）。具体情况如下：
 
（一）在研国家社科基金项目情况
1、朱振明主持，国家社科基金西部项目：《GMS经济合作中的社会问题研究》（2004年立项，尚未结项）。
2、孔建勋主持，国家社科基金西部项目：《东盟国家民族问题中的公平与正义及其对我国的启示》（2006年立项已于2009年10月结项）。
3、方芸主持，国家社科基金项目《东南亚的中国大陆新移民：以老挝为例》（2008年立项，尚在研究中）。
 
（二）在研国家社科基金特别委托项目（西南边疆历史与现状综合研究项目）情况
1、王士录主持，西南边疆历史与现状综合研究项目《20世纪70～80年代缅共在缅中边境地区的活动及其影响》，2009年10月立项；
2、陈铁军主持，西南边疆历史与现状综合研究项目《云南30年的沿边开放历程：成就和经验》，2009年10月立项。
 
（三）在研省级课题情况
1、王士录主持，两院课题：《云南与GMS国家文化合作的对策与机制研究》（2006年立项，已完成，正在提交评审验收）。
2、朱振明主持，两院课题：《深化GMS经济合作对策研究》（2007年立项，尚未完成）。
3、陈铁军主持，两院课题：《云南边境经济合作区的机制创新研究》（2007年立项，尚未完成）。
4、王士录主持，东南亚南亚研究院课题：《新世纪以来GMS五国国情的变化发展研究》（2007年立项，尚未完成）。
5、雷著宁主持，东南亚南亚研究院课题：《老挝国情研究》（2008年立项，尚未完成）。
 
（四）在研省长基金课题三项：
1、《以中缅油气管道建设为契机实现云南面向缅甸开放的新突破战略研究》（2009年10月立项，尚在进行）；
2、《“一轴两湾经济合作区”构建研究》（2009年10月立项，尚在进行）；
3、《优化现有合作机制提升云南面向东南亚南亚开放水平研究》（2009年10月立项，尚在进行）。
 
（五）在研国际合作课题二项
1、陈铁军主持，与泰国发展研究院合作课题：《GMS交通运输便利化：昆曼公路物流研究》（2009年1月立项）
2、和劲松主持，福特基金会亚洲基金项目：《大湄公河次区域移民的人口老龄化问题研究》（2009年10月立项）
 
（六）在研院级重点项目和一般项目情况
1、王士录主持，院级重点课题：云南蓝皮书系列《2009/10年东南亚报告》（即将完成。）
2、方芸主持，院级一般项目：《在老挝的中国大陆新移民问题研究》（2007年立项,尚未完成）。
3、陈铁军主持，院级一般项目：《泛珠区域合作追踪研究》，（2007立项尚未完成）。
4、王国平主持，院级一般项目：《中国—东盟自由贸易区框架下的农产品贸易问题》（2005年立项，尚未验收）。
5、孔建勋主持，院级一般项目：《云南与泰国北部少数民族生产生活方式的比较：以哈尼（阿卡）族为例》，（2006年立项，尚未验收）。
 
（七）在研院级青年课题情况
1、王育谦主持，《泰国的农业发展问题研究》（2005年立项，尚未完成）。
2、和劲松主持，《边境贸易对边境农村经济社会文化生活的影响——对中缅边境一个村寨的调查研究》（2005年立项，尚未完成）。
3、雷著宁主持，《东盟国家的双边自由贸易关系及对中国的启示》（2007年立项，尚未完成）。
4、余海秋主持，《云南与泰国人力资源开发合作的现状与前景》（2007年立项，尚在进行中）。
5、张党琼主持，《当前缅甸政局发展追踪研究》，（2008年立项，尚在研究中）。
6、孔志坚主持主持，《地缘政治因素对缅甸油气资源开发的影响》（2009年立项，尚在研究中）。
7、熊丽英主持《美国的东南亚政策对缅甸的影响》（2009年立项，尚在研究中）。